本院自始就是「醫療傳道」並行的醫院，「傳道」部份大致可分為三大時期：

第一時期：1872年～1911年

在這期間，馬偕博士所栽培的學生，也跟隨著他的腳蹤，一起背負起這重大的 使命。另有一位特別值得一提的，就是馬偕博士在傳道後期，有一位宣教師- 吳威廉博士及其師母，也全力協助馬偕博士推動傳道事工。

第二時期：1912年～1956年（即偕醫館從淡水遷移台北至光復前）

主要是由院長本身、院長夫人和護士宣教師擔任。他們早晚帶領全體員工禮拜，嚴格地執行基督教醫院的特色。這一段時間，另有一些附近的教會傳道師（如：雙連、士林、大稻程教會）和女宣道會派「宣道婦」來本院協助及探討病人之事工。 在這期間，第5屆北部大會提出「私立馬偕紀念醫院章程」與「馬偕醫院職員服務章程」，並為要強化醫院內宗教活動，於1951年派傳道師胡茂生駐院主持馬偕醫院傳教部工作。1952年胡茂生傳道師轉任頭城，傳道局另派許憲宗宣道師繼任。另外，女宣道會亦派「宣道婦」來本院協助探討病人之事工。

第三時期：1957年至今

牧師由院長推薦，經董事會聘任之。1957年的3月聘請陳惠昌牧師為首任駐院牧師，1960年4月10日林寶祥牧師到任，之後，開始陸續聘請牧師來院擔任院牧，參與傳道事工。此期間也招考具有傳道使命的教育士(現稱「關懷師」)共同關懷員工及病人。
新竹目前有三位院牧，分別為詹益信主任牧師(2006年~至今)、楊素雅牧師(2019年~至今)、謝欣蓮牧師(2020年~至今)。